本机构是在长春应化所的领导下实行独立核算的科研实体，长春应化所保证为创新中心提供经费保障和后勤支撑，优惠提供单位现有的科研条件和基础条件使用。

本机构实行主任负责制，设主任1人，负责日常科研工作、国家项目组织申请和实施完成，中心设立由国内同行业科技界、相关企业界权威人士和依托单位主要技术骨干组成的专家顾问委员会，把握学术方向，技术水平与出口，结合国家重大需求组织规划申报国家级项目，协调国内外合作及学术活动组织，审议有关工作计划，评价研究开发方案，提供技术与市场信息等。本机构实施聘任制, 实行年度绩效考核制度，实行开放、流动的用人机制。固定人员数量、人员工资待遇和奖励政策等由创新中心与长春应化所协商确定。